Стипендия имени Агафонова вручается за высокие достижения в учебе, активную гражданскую позицию и высокий уровень патриотизма. Ее размер – 4 000 рублей в месяц для курсантов Военного учебного центра имени Героя Советского Союза полковника В. Ф. Шишкова, 2 000 рублей в месяц – для студентов Кузнецкого института информационных и управленческих технологий.

В конце рабочей недели стипендии были удостоены 15 представителей университета. На церемонии присутствовали родители героя — Алексей Михайлович и Татьяна Евгеньевна Агафоновы. Ректор университета Александр Гуляков выразил родителям подполковника глубокие соболезнования и поблагодарил их за воспитание настоящего героя, патриота своего Отечества и верного товарища. Он вручил им благодарственные письма и цветы.

«Хочу сказать вам слова огромной благодарности за воспитание вашего сына, который является настоящим патриотом и героем нашего Отечества. Евгений Алексеевич Агафонов — человек, отдавший свою жизнь, чтобы защитить интересы государства и каждого из нас. Таких людей мы должны почитать, уважать и помнить!» — обратился ректор к родителям.

Как сообщает пресс-служба вуза, на малой родине Евгения, в Кузнецке, на  здании школы в память о героически погибшем воине установили мемориальную доску. Совсем скоро здесь появится и Парта Героя.