Валерий Владимирович родился 5 мая 1960 года в селе Овчарные Выселки Вадинского района Пензенской области, учился в школе-интернате в районном центре.

В 1975 году вместе с родными Валерий Канакин переехал в Московскую область, где он и окончил среднюю школу. Затем Валерий Владимирович проходил службу в Ракетных войсках стратегического назначения, учился в Ленинградской 401-й спецшколе КГБ, работал в легендарной «семерке».

В январе 1984 года Валерий Владимирович был зачислен в Группу «А» Седьмого управления КГБ СССР, где прошел путь от рядового сотрудника до руководителя Управления «А» ЦСН ФСБ России. Канакин находился в командировках во всех горячих точках Советского Союза и России, в 1980-х годах прошел «боевую стажировку» на территории Афганистана.

За плечами Героя —две военные кампании на Северном Кавказе, участие во многих знаковых операциях по освобождению заложников и нейтрализации террористов, в том числе в Буденновске, на Дубровке и в Беслане.

Валерий Канакин в 2005 году в день своего рождения получил высшую награду страны в Кремле, из рук президента Владимира Путина.

Генерал-майор Канакин окончил Высшую школу КГБ СССР и Российскую академию народного хозяйства и государственной службы при президенте Российской Федерации (РАНХиГС), является мастером спорта по вольной борьбе.

Личный вклад в государственную безопасность Валерия Владимировича отмечен орденами «За заслуги перед Отечеством» четвертой степени (с мечами), Мужества, медалями ордена «За заслуги перед Отечеством» первой и второй степеней, «За отвагу», другими наградами. Русской Православной Церковью он награжден орденом Дмитрия Донского третьей степени.

Генерал Канакин является Почетным гражданином Вадинского района Пензенской области (14 ноября 2013 года). В 2019-2023 годах он являлся президентом Международной Ассоциации ветеранов подразделения антитеррора «Альфа», в дальнейшем был избран в Совет организации.